El Centro Ocupacional es un Centro de Día en que se le imparte a los usuarios terapias pre-laborales, con el objetivo del pase a Centro Especial de Empleo, así como asistenciales, según su capacidad.

AFANAS El Puerto y Bahía cuenta en la actualidad con tres centros ocupacionales, implantando en cada uno de ellos distintos talleres. Dentro de la función asistencial se encuentra:

• Atención a familias
• Atención a trastornos de conducta
• Servicio psicológico
• Formación básica

La financiación de los  Centros se realiza mediante conciertos con la Agencia de Servicios Sociales y atención a la dependencia de la Junta de Andalucía. Además, los usuarios deben abonar el 25% de sus ingresos.